果蔬线虫病危害严重，通过综合防治能大大减少经济损失。例如平和蜜柚产业，使用生防制剂为主的综合防治后，防治区琯溪蜜柚黄化率明显下降，从原来的植株黄化率约3% 经综合防治后控制在1% 以下，制止黄化和树势强壮后增产10% 以上，亩产约增加800斤；同时还大大减少了使用化学农药对环境的污染和破坏；特别是能阻止琯溪蜜柚的衰退、死亡，对保障平和琯溪蜜柚的可持续发展具有重大的意义，有显著的经济、社会效益。综合防治方法如下：
　　1、种植无病种苗
　　果蔬线虫病多是由带病种苗引起，引种时要特别注意种植无病种苗。如果是土壤已经有大量线虫，就要考虑及时进行防治、移栽，同时进行施药防治（参考药剂防治）。
　　2、轮作
　　线虫病是土传病害，作为土传病害防治最好的方法是轮作，即在下一季种植不被线虫寄生的植物，果树等多年生植物及重要经济价值的作物就不宜进行轮作。
　　3、药剂防治
　　线虫仅为害植物的新根，判断新根在土壤中的位置和新根萌动的时间是确定施药时间和施药位置的关键，植物根系萌动在每株叶冠垂直地面处（滴水线），根系萌动与芽萌动基本同步，也就是看到新芽时往往就是新根长出时。故防治时在植物即将抽稍前，沿滴水线挖深5cm宽5-10cm环形沟，结合施肥，把药剂加入肥料（或细土）中撒施入环形沟内，最后覆土填平，并浇水）。常用药剂：
　　①福建农林大学植物线虫研究室研制的“淡紫拟青霉PL89 20亿孢子/g可湿性粉剂”， 250克-500克/株。
　　②0.5% 土线散颗粒剂75克-100克/株；
　　③5% 好年冬颗粒剂100克-150克/株；
　　③3% 硫线灵颗粒剂75克 /株。