三平寺塔殿正中屋顶的藻井，由八卦斗拱相连，结构十分精巧，民间称之为“蜘蛛结网”，又称为“宝盖”。据传，这个藻井是侍者公从普陀山观音庙里运来的。

三平祖师宝诰（即咒语）：“南无，机投石巩，派接灵山，九层岩上鬼神惊，百丈波心蛇虎伏。神工运宝，愿力弥山，慈光直射九重天，惠日永临三千界。毛公侍卫，檀信皈依，大悲大愿，大圣大慈，三平开山广济祖师菩萨，摩诃萨。”

咒语中“神工运宝”、“毛公侍卫”说的是被祖师公降服而赎罪“毛侍者”（学者研究认为指毛楂楂“山鬼”，居住在此地的蛮夷少数民族），他们为祖师公建造了三平寺，还神通广大从普陀山运回“宝盖”。为此，毛公侍卫演化为蛇侍者、虎侍者等一直陪伴在祖师公身边。

在三平寺祖殿东侧斋堂里，奉祀一尊嗔目持斧“监斋爷”坐像，其额上有一道伤痕，历历可见。据传监斋爷生前是祖师公的厨师，咸通十三年十一月初六日，祖师公行将圆寂时，召集门徒弟子说：“吾将大归，今日与尔等话别。”监斋爷一听此言，决意随祖师西归。祖师公以其“荤腥不禁”劝他毋从，而监斋爷“当众自剖验血”以证清白。祖师公鉴此慨叹道：“吾南宗所传习的是直指心性、顿修顿悟的祖禅，难得监斋师能如此自剖明性，悟心即佛。应将他妥为安置。从今以后，应在斋堂之中祀监斋师，一切供品都应经他鉴别为要。”说罢，闭目而归。后人尊祖师公遗嘱，为纪念这位监斋爷，便在斋堂立像供奉。

三平寺东侧有一殿堂，奉祀伽蓝大王，民间俗称“伽蓝爷”。相传伽蓝爷确有其人，他是平和一位员外，家资万贯。他乐善好施、扶贫济困、慷慨助人，又笃诚礼佛，常常捐钱建寺立庙、修路造桥。为此，财产倾尽而心不悔。有一日，一个和尚前来化缘，员外已经无钱物可捐了，情急之中忽见左手腕上尚有一只值钱玉镯，可怎么脱也脱不下来。于是，拿起一把刀，把手腕剁断，再把沾满鲜血的玉镯给那和尚。正当和尚讶异伤感之际，员外已经化作一团云烟，消失了。走近三平寺立祀纪念伽蓝爷塑像前，可见其左臂披着长袖，遮住了那只剁断的手腕。

三平寺大雄宝殿西侧有一神殿，匾额“威镇岭南”四个大字格外醒目。此处祀奉开漳圣王陈元光及夫人种氏、子陈珦、女陈怀玉（柔懿娘）、部将辅胜将军李伯瑶（辅胜爷）、辅顺将军马仁（马公爷）等开漳功臣。三平寺在此褒扬漳州首任刺史陈元光入闽平“蛮獠啸乱”、“偃武修文”，改变闽地刀耕火种的落后状态，推动河洛文化在闽南生根发芽。一代功臣，登上了神坛，受后人朝拜。

三平寺“从人到神”故事传说还有许多。如南宋颜颐仲尚书、明朝潘荣尚书，此二人是漳州龙溪人，为兴建、重修三平寺立下功绩，捐出平生积蓄，其家人年年朝拜祖师公。为此三平寺内雕塑“潘、颜”像于塔殿中，供人们朝拜。