祖殿供奉“出巡”的三平祖师公，左右两边分别陪祀“蛇侍者”、“虎侍者”。这一殿是祖师生前起居的地方。端坐在正中间这尊神像是清道光27年用香樟木雕成的，文化大革命“废四旧，立四新”时被隔壁三关堂村民众偷偷保存下来，他与其他神像不同的是他的四肢关节都能活动，灵活异常，也就是说有支撑的话，他可以站起来，所以也有人称之为活佛”。一直以来，附近村镇有重大节庆或灾情时常会请这尊祖师公去坐镇驱邪，保一方平安。据史料记载，1944年漳州曾发生一场鼠疫，因当时缺医少药，死亡五六千人，当地老百姓听说三平广济祖师很灵验，且生前精通医术，就请这尊神像到漳州座镇12天，每天出巡疫区，三天后鼠疫便渐渐消失，并将炉丹洒于井中，12天后便基本平静了。众人要请祖师回三平寺，轿杠连断了三次，天下暴雨，众人惊讶，连忙下跪礼拜，请示祖师公是否要继续留在漳州保一方平安，结果连掷了三次“顺杯”，于是在漳州官园巷口初华坊建三平分镇，今香火旺盛，每年正月二十三都有一二千人到三平寺进香，风雨无阻。他灵验的例子还有很多，如云霄镇灾、南靖祈雨等等。