科山祖师公殿位于龙海市榜山镇柯坑村科山大庙内，左靠科山大庙右山墙，右靠科山大庙右厢房内侧前墙，殿前为天井，天井前为大庙侧门，门置红漆双扇板门，门联：“广恩，普济”。殿面阔1间，进深1间，屋面覆板瓦，双坡，墙体砖砌，抹灰，地面铺红方砖。殿前檐下立方形石柱2根，上接木柱。右檐柱与大庙右厢房前墙间设门，左右檐间安红漆木栏栅分隔内外，额枋下饰雕花雀替，梁、枋、檩、椽施红漆饰。殿后墙前神坛上筑一栱顶神龛，龛联：“法大无边龙虎伏，道高有象鬼神驚”，横披“广恩普济”。三平广济祖师神像端坐龛内，龛前坛上又塑祖师坐像2尊。坛前置一座三狮足双龙耳铜香炉，炉壁铸“三平祖师”。