民国初年,三平寺无修寺记载。其时,祖师信仰已深入人心,三平寺香火鼎盛,寺常住僧人60余人。因三平山高林密,系红游击区,民国21年(1932年)起,国民党保安团强令三平寺周围群众离乡迁移到文峰及其他地区。民国24年(1935年)秋,国民党兵竟纵火焚寺,千年古刹毁于烈熖,僧徒四散。寺院除伽蓝殷外均被焚毁,殿中石柱均烧断裂,仅存一柱完整,院宇倒塌,断壁颓垣,惨不忍睹。民国25年(1936年),寺周边被迫迁移外地的群众陆续返乡。民国26年(1937年)起,返乡群众自觉发起修寺。公推三坪村黄田社林碧为掌事(理事长),后由林章接任,文峰文洋圩林古晶、三坪村林博、林石四等为理事,林双全管账，着手筹款修寺。先到龙溪石码、海澄等地募捐,石码枝仔、岳长，海澄洪天福等慷慨乐捐。三平寺周边群众自动捐钱、捐米(每户2、3斗),并自愿出工。

重建分四阶段进行,逐殿重建。先修塔殿,第一年建“覆龟亭”(即祖师公龛),以供当年春节期间香客朝拜。后砌砖墙,架屋梁、盖屋面、粉刷抹壁,历时3年。次修祖殿,三修大殿,墙体均以生土夯成,仰覆瓦顶,内柱用青砖砌成圆柱,柱身尺寸仿照烧寺劫后仅存的石柱。因材料缺乏,运输不便,修寺材料大都就地取材。塔殿及大殿大杉木梁由三坪村上境林博捐献;中殿大杉木梁由同村林水盛捐献。其余构架梁、枋、檩、椽,杉木、杂木并用;砖、瓦由当地烧制。后修山门。重建工匠为约仔和连宝两位师傅包建,小工及搬运由三坪社及文峰、柴船、南虾、欧寮、山前、三关堂、山石马、粗坑、东天尾、浦口、下仲坑、老灶、石坂等山村群众自愿助工。主殿重建期间,东西顶厢房由红桃(原寺僧)和林成章各建一侧,每侧6间。香客添油钱,住宿钱归修建人所有。信众奉献的款项归理事会管理,统筹使用。民国重建，历时10余年,至民国37年(1948年)才告竣。三平寺原貌初步恢复,香火得以延续。

开放复兴

新中国成立初,三平寺未进行较大规模续修,寺僧均还俗,寺院管理松散。仅于1960年由菲律宾华侨捐资漆饰过塔殿。1965年,寺院被占用办半农半读的柑桔学校。“文化大革命”期间,佛神塑像、神台龛座及殿宇飞檐大部受毁,寺院为数不多的经藏被付之一炬。所幸殿宇主体结构仍保持完整;祀奉于祖内的三平祖师和蛇、虎侍者木雕神像,被崇信祖师的信众连夜收藏祀奉。佛事活动衰落。由于祖师的信仰深入人心,虽寺无佛像，信众仍自发于寺内、寺外地上,面朝殿宇,就地插香朝拜。

1978年后,国家改革开放,经济繁荣,政通人和,宗教政策逐步贯彻落实。1980年,“三平旅游业管理委员会”(后更名为“三平风景区管理委员会”)成立。对三平寺实行全面保护,统一规划,统一建设。是年起,寺内殿宇先后全面重修。主要殿宇内山门(天王殿)、大雄宝殿、祖殿和塔殿的形制和规格依旧,唯选材质地择优从好。其余配殿、钟鼓楼、回廊、厢房和配套设施,则重新规划布局,更臻合理,建设规模空前。2004年以来,又重点整修殿宇,修饰佛神塑像,添置更新法器,完善基础设施,拓宽寺院范围,“旧者新之,缺者补之”,规划、建设更上一个层次。

寺内各主殿、配殿、回廊、厢房及附属配套设施,历次重修如下：

内山门(天王殿) 1982年底重修内山门,内外檐柱与脊下中柱换木为石,构架梁、枋、檩、椽换新。靠山门前段两山墙外壁,各建管理门票房1间。1994年山门全殿重建,三门改木门为石门,三门门框与立柱之间壁上,镶嵌青石浮雕与孔雕;前段两山墙内壁镶嵌四大天王浮雕立像。屋面为绿琉璃瓦,脊饰剪瓷雕。2006年9月,两管理门票房修饰改建为天王殿,塑四大天王座像供奉,每殿新置石神台和石供桌各1座。

大雄宝殿 1984年重修,墙体砌红砖,屋面翻新,檐柱及殿内圆木柱均改为石柱,仰覆瓦顶,脊饰剪瓷雕。1985年殿内新塑释迦牟尼和迦叶、阿难两胁侍,观音、弥勒、韦陀、护法以及十八罗汉金身。1986年置释尊座外大玻璃罩。1987年修殿前檐下台明的石雕护栏。1999年大殿再次翻新,构架梁、枋全部换成水泥仿木构件,斗拱、檩、椽仍用杉木,并施漆饰。屋面为绿琉璃瓦,脊饰剪瓷雕。

祖殿(中殿) 1983年7月全殿屋面翻新,构架梁、枋、檩、椽、斗拱换新,仰覆瓦顶,脊饰剪瓷雕。1992年整座殿宇重建,墙体由土墙改为红砖墙,屋面为绿琉璃瓦,脊饰剪瓷雕。殿前走廊栏杆由木栏改为石雕栏。2004年6月,台基地面新铺石砖,规整美观。2007年9月,殿内祀奉祖师公雕像和蛇虎侍者雕像,均修饰油漆一新。12月,殿内祖师公神龛、几桌、供桌均换为铜雕制品。

塔殿 1988年全殿重修,地基石一一挖起编号,重新琢磨;墙体改为红砖墙;藻井斗拱叠架亦逐件拆开编号列序,缺坏者添配修补、恢复原状,后重装;屋面为绿琉璃瓦,脊饰剪瓷雕。塔殿内东壁原镶6方碑碣,全部卸下收藏,至1992年修东回廊时,移镶砌于廊壁。2005年1月15日,农历甲申岁十二月初六日,塔殿殿内重新维修,内墙面施漆饰;东西两边门安装八宝铜门;东西两侧间窗扇改为红木拐子锦格窗。殿内祖师公龛、供桌、几桌及石巩禅师、潘颜尚书、蛇虎侍者塑像的4座神台全部换为铜雕;法器香炉、功德箱全部为铜雕制品,举殿金碧辉煌。

伽蓝殿 1984年新塑伽蓝爷坐像。2000年重修,由砖木结构,改建为仿古石殿。

开漳圣王殿 2000年重修,由砖木结构改建为仿古石殿。

监斋堂 1984年新雕樟木监斋爷坐像。1991年重修,墙体砌红砖,屋面为绿琉璃瓦。2006年9月新置石神台和石雕供桌

地藏王殿 1991年重修,墙体砌红砖,屋面为绿琉璃瓦。2007年9月新置石神台和石雕供桌。

钟鼓楼 1994年重建钟楼、鼓楼各1座,一层石构,前壁镶石雕,南山墙壁各镶佛传故事影雕1幅。二层石木结构,绿琉璃筒瓦顶。钟楼悬大铜钟1个,鼓楼架牛皮大鼓1个。

东西回廊 1992年建东廊,1993年建西廊。分前廊、侧廊、后廊;前廊与侧廊廊前立柱、后红砖墙壁,后廊前后立柱开敞,屋面为红琉璃瓦。东西两廊壁镶嵌捐资功德碑及历代修寺、修路碑碣。两廊的梁枋均施彩画,檩椽施漆饰。

东厢房 东厢房包括上下厢房。上厢房6间(前有廊),1984年建砖木结构平房,2002年重修,为混合结构平房,屋面为绿琉璃瓦。下厢房7间,1980年建砖木结构二层楼房;1996年重修,为砖石混合结构平房,墙体砌红砖,屋面为绿琉璃瓦。

西厢房 西厢房包括上下厢房。上厢房7间(前有廊),1984年建砖木结构平房;1996年重修,为混合结构平房,屋面为绿琉璃瓦。下厢房7间,1980年建砖木结构平房,1996年重修,为砖石混合结构平房,屋面为绿琉璃瓦。

东西公厕 东厕2间,1992年建,混合结构一层。西厕2间,1993年建,混合结构一层。2004年1月和2005年3月,先后重建为重檐四角攒尖和两坡悬山组合式屋顶,屋面为绿琉璃瓦。

炮廊 亭阁式长廊,2004年7月建,上下二层,面积400平方米。

亭阁式寿金炉 塔殿西侧原于1988年建六角形红砖大寿金炉1个,面积6.2平方米。20004年改建。2007年重建为六角形亭阁式红砖寿金炉,高16米,面积27.3平方米。

围墙 1991年重修山门两边内围墙。2004年6月新建炮廊外围墙。

石埕 1987年铺设大雄宝殿前和钟鼓楼前后3处石埕600平方米。2004年6月铺设大雄宝殿边、祖殿边、东西厢房前等4处石埕1460平方米。

踏跺 2004年1月,新修回廊西侧廊后通塔殿勾栏式垂带石踏跺,三重石阶22级。2005年6月,新修塔殿东侧通广济园垂带石踏跺,四重石阶39级。寺内通塔殿通道增加两条。2005年6月新修塔殿东侧上石公垂带石踏跺,二重石阶24级,又于塔殿西侧更新垂带石踏跺一处、新修炮廊上后山瓷砖贴踏跺两处。从塔殿后上石公两面畅通。

护栏 2000年10月,修寺内两放生池石雕护栏,每池石雕护栏周长41米。寺内各殿前台明和踏跺原部分已修有石雕护栏，但未完整。2004年至2005年,已将寺内各处台明和踏跺外沿的石雕护栏补缀完整。

塔殿后山 2005年1月整修塔殿后山,铺设方格砖,山包两侧围圆石雕柱铁索护栏。

虎爬泉 原虎爬泉为洗手池,于塔殿东侧,1992年建,池壁镶石浮雕虎头4个,每个虎头伸出2个前蹄,共8蹄,引虎爬泉水至池,水从虎蹄心涓涓流出。2005年6月,于塔殿后山东侧巨石边重修虎爬泉,建水池假山,雕4虎于假山之上,行立伏坐，姿态各异;另雕10个小虎头于池沿,泉水从虎口潺潺流出。

万年宝鼎 1988年于大雄宝殿前立铜铸万年宝鼎1尊。2003年12月又于大雄宝殿两侧各立铜铸万年宝鼎1尊。

庄严法器 2003年12月至2007年1月,寺内神像前的香炉与功德箱,先后更换为铜雕制品。

重修后的三平寺,寺貌一新,香火之盛,远胜往昔。