厦大翔安校区将以发展医学、生命科学与技术等应用学科为主，成为应用学科创新人才培养基地、高水平科学技术研究基地、中国孔子学院总部南方基地和对外合作办学基地，最终办学规模为30000人。根据协议，翔安校区选址于翔安区东南侧，建设用地总面积3645亩，争取到2011年厦大建校90周年时，完成建筑面积约50万平方米的一期建设；到2016年厦大建校95周年时，基本完成翔安校区基本建设任务；到2021年厦大建校100周年时，全部完成翔安校区基本建设任务。

    根据协议书，双方将按照一流国家大学科技园的要求，以厦门市现有的各类孵化基地、高新技术园区和厦大已建成的生物医药、纳米科技、微光机电、新能源等孵化中心为基础，联合共建大学科技园。支持大学科技园开放办园，向社会推介孵化项目，吸引社会企业和孵化项目对接，争取每年向大学科技园推介的科技成果转化项目不少于10个，产值不低于10亿元。双方同意，大学科技园按照学科和产业特点，相应地将孵化项目安排进入厦门市的专业孵化园区。厦门市在相关园区内按优惠条件为大学科技园提供孵化场所，利用已建成的创业服务体系，通过落实优惠政策、提供创业服务等措施，为大学科技园入园创业人员和机构营造良好的创业环境。