据传，唐武宗皇帝实行灭佛汰僧政策，三平祖师公与各地逃难的僧尼避居到九层岩，有一次偶然在溪水中见到许多樟花，祖师公率领一干多僧尼，沿着漳浦马口花博园小溪流，也就是我们寺庙左手边小溪流，涧溪渐进。有一天他们在河里净身的时候发现有樟花回旋，祖师公断定有樟花的地方一定是个好去处。于是他们寻找樟花源头。乃选三平山之蛇穴宝地为址，坐北朝南，倚山而筑，寺庙前低后高，结构匀称，山势之状如游蛇下山。院之前方一箭之遥有一其状如龟的小山峰，谓之“上水龟”，与寺的“下水蛇”南北相视，天成龟蛇呼应之妙景。祖师公通天文地理，阴阳变化，三平寺就在这“上水龟，下水蛇”之间创建。